Zriaďovateľom Slovenského banského múzea v Banskej Štiavnici (ďalej SBM) je od l.l.1999 Ministerstvo životného prostredia SR (ďalej MŽP SR). V organizačnej štruktúre MŽP SR patrí múzeum do Sekcie geológie a prírodných zdrojov. SBM riadi a za jeho činnosť zodpovedá riaditeľ múzea, ktorý je jeho štatutárnym orgánom.
Na základe svojej zriaďovacej listiny plní funkciu celoslovenského špecializovaného múzea. Cieľavedome zhromažďuje, ochraňuje, vedecky a odborne spracováva, využíva a sprístupňuje hmotné dokumenty so vzťahom ku komplexnej dokumentácii vývoja baníctva, príbuzných banských odborov, geológie, ochrany nerastov, vývoja banských miest a oblastí na Slovensku. Vykonáva koordinačné, metodické, vzdelávacie a informačné činnosti v oblasti svojej špecializácie. Zároveň sa riadi zákonom č. 206/2009 Z. z. o múzeách a galériách a o ochrane predmetov múzejnej hodnoty a galerijnej hodnoty a o zmene zákona Slovenskej národnej rady č. 372/1990 Zb. o priestupkoch v znení neskorších predpisov a ktorým sa menia a dopĺňajú niektoré zákony.
Múzeum svojimi aktivitami prispieva k rozvoju školskej i mimoškolskej výchovy a vzdelávania, environmentalistiky, environmentálnej regionalizácie, etiky, osvety, propagácie a realizuje environmentálne prospešné aktivity prioritne pre mládež. Pri príležitosti medzinárodných a svetových dní múzeum organizuje interaktívne podujatia ku Svetovému dňu vody, Svetový dňu Zeme, Medzinárodnému dňu múzeí a galérií, Svetovému dňu životného prostredia a tiež počas Dní európskeho kultúrneho dedičstva a Týždňa vedy a techniky. K environmentálnym aktivitám múzea patrí činnosť Banskoštiavnického Geoparku - náučnej geologickej expozície v Banskom múzeu v prírode a Dedičnej odvodňovacej štôlne Glanzenberg a aj prezentácia náučných chodníkov a náučnej posterovej expozície. Programy tvorivých dielní v Banskej Štiavnici a Handlovej uplatňujú princípy Rezortnej koncepcie environmentálnej výchovy, vzdelávania a osvety. Práca s verejnosťou, vzdelávanie prostredníctvom výkladov v stálych expozíciách a výstavách a aj aktivity projektu Škola v múzeu s tematickými interaktívnymi programami, patria k základným činnostiam múzea. Výsledkom týchto činností múzeum ovplyvňuje aj kvalitu života obyvateľstva a podieľa sa na rozvoji cestovného ruchu v lokalite svetového dedičstva UNESCO, čím tiež prispieva k ekonomickému a sociálnemu rozvoju spoločnosti.
Vedeckovýskumná činnosť pracovníkov múzea sa zameriava na problematiku baníctva, mineralógie, geológie, témy spojené s banskou činnosťou z celého Slovenska, hospodárske, kultúrne dejiny Banskej Štiavnice, montánnu históriu.
Múzeum využíva atraktívne priestory svojich objektov (Starý zámok, Nový zámok, štôlne, Galéria J. Kollára ) pri spoluorganizovaní festivalov a kultúrnych podujatí v meste, pre domácu a zahraničnú verejnosť. Múzeum zabezpečuje v spolupráci s Mestom Banská Štiavnica prevádzku informačného centra.
